在科技创新方面，中国农业科学院新发表SCI/EI收录论文4910篇，较去年增长4.9%，其中，以第一署名单位在《自然》《科学》《细胞》主刊上发表论文8篇，创历史新高。
在品种培育方面，育成的高油高产大豆“中豆51”、耐盐碱小麦“航麦802”和耐盐碱油菜“中油351”等，提高了作物产量，还增强了作物的抗逆性，为农业可持续发展提供了有力支撑。
在种质资源方面，牵头完成第三次全国农作物种质资源普查，累计收集资源13.9万份，抢救性收集濒危资源746份，长期保存农作物种质资源总量突破58万份。
在农业科技应用与推广方面，打造盐碱地节水控盐与生态治理的“鄂尔多斯模式”，在千亩方试验田中实现了轻度盐碱地玉米增产15%;在长江流域推广“中油杂501”油菜品种100万亩以上，即使在“大冻”之年依然稳产高产。
1月13日至1月14日，中国农业科学院在京召开2025年工作会议，农业农村部党组成员、中国农业科学院院长吴孔明表示，2024年，中国农业科学院加快推进高水平农业科技自立自强，全力支撑“三农”重点工作，为粮食产量突破1.4万亿斤、乡村全面振兴取得明显成效、农业强国建设迈出坚实步伐作出了贡献。
2025年是“十四五”规划的收官之年，是规划“十五五”的关键之年，做好农业科技工作具有承上启下的特殊意义。中国农业科学院将优化提升创新工程，全面加强有组织科研，深入推进科技创新组织系统化、攻关体系化、支撑服务建制化，努力提升创新体系整体效能。
吴孔明指出，中国农业科学院将继续强化基础前沿研究和基础性工作，加强有组织的基础研究体系建设，优化基础科学研究中心布局，推动科学中心与全国重点实验室深度耦合。同时，还将聚焦战略性重大科技攻关，包括种业创新、耕地保护和质量提升、生物安全科技创新、现代设施与智能农机装备研发应用以及农业发展绿色转型技术集成创新等多个领域。
在种业创新方面，中国农业科学院将加快高油高产大豆、抗虫耐逆高产高蛋白玉米、优质高产水稻等作物重大品种培育，以及节粮高效优质生猪、肉羊和优质抗病肉鸭等畜禽新品种培育;在耕地保护和质量提升方面，将强化第三次全国土壤普查技术支撑，加快形成高质量成果，提升天空地一体化农业观测精度和智能化水平，更好支撑耕地用途动态监测。
